Παρά το γεγονός ότι υπήρχαν τόσες πολλές όμορφες αναμνήσεις από τη σκωτσέζικη φιλοξενία που προσφέρθηκε το 1970, πολλά έθνη της Κοινοπολιτείας δεν παρευρέθηκαν στους Αγώνες του 1986 λόγω ενός ευρέος πολιτικού μποϊκοτάζ. 32 έθνη -πολλά από αυτά χώρες και κράτη της Αφρικής, της Ασίας και της Καραϊβικής- αποφάσισαν να μην παραστούν στους Αγώνες ως αντίδραση στην άρνηση της κυβέρνησης του Ηνωμένου Βασιλείου να επιβάλει κυρώσεις στη διοίκηση του απαρτχάιντ της Νότιας Αφρικής.

Συνεπώς, το Εδιμβούργο το 1986 γνώρισε τον χαμηλότερο αριθμό αθλητών από το Ώκλαντ του 1950. Είκοσι έξι έθνη παρευρέθηκαν στους δεύτερους Αγώνες του Εδιμβούργου και έστειλαν συνολικά 1.662 αθλητές και 461 αξιωματούχους. Η τελετή ξεκίνησε στην πεζοπορία του Κάστρου του Εδιμβούργου από την οποία εκατοντάδες μαθητές έτρεξαν κάτω από το Royal Mile, μέσω του Holyrood Park μέχρι το στάδιο Meadowbank.

Ωστόσο, οι Αγώνες έμειναν επίσης στη μνήμη για μια σειρά από αθλητικούς θριάμβους (ιδιαίτερα της πατρίδας της χώρας): με τη δρομέα του Νταντί, Liz Lynch (τώρα Liz McColgan) να προσφέρει μία από τις ξεχωριστές επιδόσεις των Αγώνων.

Δέκα αθλήματα παρουσιάστηκαν στους δεύτερους Αγώνες του Εδιμβούργου – Στίβος, Υδρόβια (Κατάδυση, Συγχρονισμένη Κολύμβηση & Κολύμβηση), Μπάντμιντον, Πυγμαχία, Ποδηλασία, Μπόλ με γκαζόν, Κωπηλασία, Σκοποβολή, Άρση Βαρών και Πάλη.